在養(yǎng)殖周期前，隨著養(yǎng)殖水源水的注入和及養(yǎng)殖水與底質(zhì)之間的物質(zhì)交換，養(yǎng)殖水體從一定程度上變成了“底質(zhì)浸出液”，在池塘養(yǎng)殖過(guò)程中，底質(zhì)對(duì)水質(zhì)的影響是決定性的。底質(zhì)能透過(guò)泥水界面與養(yǎng)殖水體進(jìn)行物質(zhì)交流，從而影響水質(zhì)。底質(zhì)對(duì)水質(zhì)的影響主要體現(xiàn)在以下幾個(gè)方面：
池塘底部的淤泥是養(yǎng)殖系統(tǒng)的有機(jī)物貯存庫(kù)，淤泥中有機(jī)物的存在和分解也為池塘微生物的活動(dòng)提供了物質(zhì)基礎(chǔ)，促進(jìn)了微生物的增長(zhǎng)繁殖，同時(shí)微生物通過(guò)自身的分解活動(dòng)將底泥中的無(wú)機(jī)物轉(zhuǎn)化成無(wú)機(jī)物，也在為浮游藻類的生長(zhǎng)提供了營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)，促進(jìn)了池塘藻類的生長(zhǎng)。池塘底部淤泥及底泥中的微生物是池塘生態(tài)系統(tǒng)物質(zhì)循環(huán)中重要的一環(huán)，在物質(zhì)循環(huán)中扮演了分解者的角，促進(jìn)了養(yǎng)殖系統(tǒng)的物質(zhì)循環(huán)和能量流動(dòng)，起到了穩(wěn)定水質(zhì)和養(yǎng)殖生態(tài)系統(tǒng)的作用。
淤泥中含有腐殖質(zhì)等膠體，由于膠體帶電荷，因而對(duì)離子有吸附作用，吸附在膠體外圍的離子也可以被其他離子交換而離開(kāi)膠體，從而實(shí)現(xiàn)離子的代換吸收。淤泥中的膠體代換吸收，為水體的肥力提供了緩沖空間。
當(dāng)水中的礦質(zhì)元素離子濃度較低的時(shí)候，底質(zhì)中的含有這些離子的無(wú)機(jī)鹽可以通過(guò)泥水界面的物質(zhì)交換直接進(jìn)入養(yǎng)殖水體，直至兩者之間的離子濃度達(dá)到平衡，這些營(yíng)養(yǎng)鹽有些可作為藻類生長(zhǎng)的礦物質(zhì)從而被利用，底泥和養(yǎng)殖水體之間的離子交換也為底泥對(duì)養(yǎng)殖水體的肥力補(bǔ)充提供了通道。
在高密度養(yǎng)殖的過(guò)程中，由于大量飼料的投喂，水體中一般不缺氮，不需要額外施氮肥，沉積在池塘底部的含氮有機(jī)物的分解成為養(yǎng)殖水體中氮的的主要來(lái)源之一，含氮有機(jī)物被池塘底泥中的微生物分解，大多數(shù)情況下，由于飼料蛋白的緣故，這些有機(jī)物的C/N比的一般比值較小，有機(jī)物中氮很難被全部被微生物利用，分解過(guò)程中伴隨著氮的礦化，產(chǎn)生的氨氮最終進(jìn)入養(yǎng)殖水體，造成養(yǎng)殖水體中的氨氮超標(biāo)，影響水生動(dòng)物的正常生理活動(dòng)。由于底泥的通透性差以及微生物的活動(dòng)，在泥水界面幾厘米深度以下的底泥通常處于厭氧狀態(tài)。如果底泥中的有機(jī)物分解得不到充足的氧，這些有機(jī)物就會(huì)進(jìn)行厭氧分解，由于氧化還原電位的關(guān)系，底泥間隙水中的硝酸根離子將首先成為微生物分解活動(dòng)中的電子受體，被還原成亞硝酸鹽或氨氮，成為養(yǎng)殖水體氨氮和亞硝酸鹽一個(gè)潛在的來(lái)源。如果池塘底部泥水界面不能維持好氧條件，這些還原產(chǎn)物就會(huì)向養(yǎng)殖水體中擴(kuò)散。
在養(yǎng)殖水體中，殘餌，施肥，水生動(dòng)物的排泄及底泥的釋放成為水體中磷的主要來(lái)源，水體中的磷除了浮游植物的利用之外，主要是被底泥中粘粒的吸附，腐殖酸的螯合以及與水中鈣，鎂離子結(jié)合，形成難溶磷酸鹽沉淀于池底，由于底泥對(duì)水中有效磷的吸附，導(dǎo)致水體中的磷很重要的一部分沉積于池塘底部，退出了池塘的磷循環(huán)，造成水體中磷的缺乏。在魚(yú)類的主要生長(zhǎng)季節(jié)，由于餌料的投喂，水體中大多不缺碳和氮，磷逐漸成為水體初級(jí)生產(chǎn)力的主要限制因子，由于浮游藻類的自身機(jī)體的物質(zhì)構(gòu)成，浮游植物對(duì)水體中的碳，氮和磷是按比例吸收利用的，磷的缺乏，一定程度上限制了藻類對(duì)其他元素的利用，不利于浮游藻類的生長(zhǎng)，同時(shí)也在影響藻類的種群結(jié)構(gòu)。因此，在養(yǎng)殖過(guò)程中，應(yīng)及時(shí)向養(yǎng)殖水體中補(bǔ)充磷肥，促進(jìn)浮游藻類的生長(zhǎng)和養(yǎng)殖生態(tài)系統(tǒng)的物質(zhì)循環(huán)。施用磷肥時(shí)，最好是用可溶性磷肥，以利于浮游藻類的吸收利用。
在池塘養(yǎng)殖過(guò)程中，水體中的硫主要來(lái)源于養(yǎng)殖過(guò)程中沉積在池塘底部的殘餌，糞便的分解（池塘建造在富含黃鐵礦的酸性硫酸鹽土壤以及水體中富含硫酸鹽的情況除外），在池塘底部氧氣充足的情況下，有機(jī)物（主要是蛋白質(zhì)）中的硫在有機(jī)物分解的過(guò)程中將被氧化成硫酸，在厭氧條件下將以硫化氫的作為最終分解產(chǎn)物。值得注意的是，在池塘底質(zhì)有機(jī)物分解的過(guò)程中，隨著厭氧分解的進(jìn)行和底泥中的氧化還原電位不斷地降低，硫酸根離子可作為微生物厭氧呼吸中氫受體，不斷地被還原，直至產(chǎn)生硫化氫，通過(guò)底泥的間隙，最終進(jìn)入養(yǎng)殖水體，影響水生動(dòng)物健康。
在大多數(shù)高密度精養(yǎng)過(guò)程中，由于較高的投喂量，在養(yǎng)殖過(guò)程中往往會(huì)導(dǎo)致殘餌和糞便在池塘底部的沉積。如果池塘底部的溶氧不足，沉積在池塘底部有機(jī)物得不到充足的氧進(jìn)行好氧分解，轉(zhuǎn)而在厭氧微生物的作用下進(jìn)行厭氧發(fā)酵，有機(jī)物中的碳水化合物，類脂及蛋白質(zhì)在發(fā)酵過(guò)程產(chǎn)生的有機(jī)酸等中間產(chǎn)物通過(guò)底泥的間隙滲透到養(yǎng)殖水體中，造成水體的pH值下降，由于是底部有機(jī)物厭氧發(fā)酵引起的水體PH值降低，使用生石灰只能暫時(shí)提高水體的pH值，過(guò)一段時(shí)間pH值會(huì)重新回到較低的水平。這種情況只有通過(guò)池塘底質(zhì)改良才能從根本上解決問(wèn)題（未完待續(xù)）。
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