光合細(xì)菌作為兼性厭氧菌，在水產(chǎn)養(yǎng)殖中，能夠降解水體中的亞硝酸鹽、氨氮、硫化物等有毒物質(zhì)，實現(xiàn)充當(dāng)餌料、凈化水質(zhì)、預(yù)防疾病、作為飼料添加劑等功能。光合細(xì)菌適應(yīng)性強，能忍耐高濃度的有機廢水，具有較強的分解轉(zhuǎn)化能力。它的諸多特性，使其在無公害水產(chǎn)養(yǎng)殖中具有巨大的應(yīng)用價值。其作用主要有：
1、凈化水質(zhì)。高密度養(yǎng)殖的水體中，含有大批的魚類糞便和殘餌，以及魚藥的殘留物，腐爛后產(chǎn)生的有害物質(zhì)直接污染水體和底泥。兼厭氧的光合細(xì)菌是改良水質(zhì)的主要起因，其在分解有機質(zhì)時不產(chǎn)生有害物質(zhì)，并且還能利用有害物質(zhì)作為營養(yǎng)源，長成對自己有益的細(xì)胞；當(dāng)形成優(yōu)勢群體后，還能競爭性地抑制病原微生物的生長，降低感染率，從而凈化水質(zhì)使魚類健康生長。
2、維持微生態(tài)平衡。養(yǎng)殖的水體中存在微生物有一種叫“條件致病微生物”，即正常情況下，這類微生物不致病，但在水質(zhì)惡化，魚類免疫力下降時，會大量滋生而損害魚類。自然界中病原微生物必須在水體中達到一定濃度，才能導(dǎo)致魚類發(fā)病，此濃度為“發(fā)病臨界點”。在漁業(yè)生產(chǎn)中，控制病原微生物的濃度，使其達不到發(fā)病臨界點，是健康養(yǎng)殖的關(guān)鍵。
光合細(xì)菌可以抑制消毒殺菌劑的缺陷，經(jīng)過降解或消除水體中包括魚藥在內(nèi)的有害化學(xué)物質(zhì)，與病原微生物爭奪營養(yǎng)與生存空間，使其無法大批滋生，不易形成致病的環(huán)境條件。
3、培養(yǎng)浮游動物作餌料。 光合細(xì)菌營養(yǎng)豐富，可成為浮游動物的優(yōu)質(zhì)餌料。實踐證明，水體中光合細(xì)菌越多，浮游動物生長越茂盛，以浮游動物為食的魚類增產(chǎn)效果越明顯，如蝦、蟹等。此外，光合細(xì)菌是剛孵化后，還不能主動捕食的仔魚最合適的餌料。
4、飼料添加劑。一般配合飼料中的活性營養(yǎng)成分較少，餌料系數(shù)較高。光合細(xì)菌作為優(yōu)質(zhì)的飼料添加劑，含有大批的促長因子和生理活性物質(zhì)，營養(yǎng)豐盛。拌入飼料后，可以彌補和增長飼料的營養(yǎng)成分、降低餌料系數(shù)。
5、間接增氧。光合細(xì)菌分解有機質(zhì)進行生長時，雖然不釋放氧氣，但也不需要氧氣，可以節(jié)省好氧微生物分解有機質(zhì)時所需的氧，產(chǎn)生間接增氧的作用。
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